יצחק מגלי נולד, למשפחת מוגולבסקי האמידה, בחג חנוכה בעיר חרקוב בדצמבר 1884.
יצחק מגלי אהב את החקלאות ואת ריחות הכפר משחר ינקותו. יצחק החל את לימודיו בבית הספר לחקלאות דבר שלא היה מקובל ברוסיה הצארית.
נגע האנטישמיות אשר פשט ברוסיה מעצב את תודעתו, מעורר בקרבו תחושה לאומית עמוקה והביא להצטרפותו לתנועת "פועלי ציון" במסגרת ההסתדרות הציונית.
בשנת 1905 כשהוא בן 21 יצחק מגלי בורח מהצבא הרוסי, עוזב הכול ועולה לארץ ישראל.
הוא מתיישב בפתח תקווה, מתגייס לארגון השומרים המקומי ומסתייע בהון המשפחתי על מנת לרכוש אדמות בכדי לפתח משק חקלאי בארץ ישראל.
ב 1917 התגייס יצחק לגדודים העבריים ובמהלך שירותו הצבאי הגיע לדרגת סמל, שהייתה הגבוהה ביותר לה זכו יהודי ישראל בצבא הבריטי.
בשנת 1925 מגלי מנביט את רעיון הקמת הארגון ההתיישבותי – "חרות". בלהט שאפיין אותו הוא מארגן את החברים ומוביל מאמץ עליון לגיוס כספים. בימים ההם הוא וארגון "חרות", היו מזוהים "כיחידה אחת".
יצחק מגלי הוא האדם שהגה את רעיון הקמת המושב, סחף אחריו וארגן את גרעין המייסדים וקישר בין החברים לבין מוסדות הישוב העברי.
ב 1929 יצחק מגלי מייסד משתלה המיועדת ליצירת מקומות עבודה לחברים ולהשגת שתילים זולים וטובים. בשנת 1930 נחרשים לראשונה תלמים באדמת מושב חרות ובשנת 1931 עולים החברים על הקרקע.
בשנת 1941 היו הישוב ומוסדותיו עסוקים בגיוס יהודים לצבא הבריטי. במסגרת זו ביום כ"א בתשרי תש"א התקיימה תהלוכה של ארגון ההגנה אשר בראשה צעדו ותיקי הגדודים העבריים. יצחק מגלי צועד בראש הגדודי ברחוב אלנבי עד הגיעו לשפת הים. עם הגיעם לים חש יצחק ברע ונופח את נשמתו בזרועות חבריו כשהוא בן 57 בלבד.
לאחר מותו הוחלט להנציח את שמו במושב ועל שמו קרויות "ספריית מגלי" ו"שדרת מגלי" בכניסה הראשית למושב חרות.